Еден од поголемите успеси на Ф.К.Илинден беше освојувањето на Фудбалскиот куп на северно –полошкиот регион во Македонија во 1998 година.
Тогаш Клубот се натпреваруваше во северно –полошкиот регион (Од Крива Паланка-ФК Карпош до ФК Кораб -Дебар) ,по освојувањето на купот во овој регион во понатамошните натвреварувања во четврт финалето на Купот се сретне и ги одмери своите сили со фудбалските екипи на Пелистер, Осогово и на Силекс, членови на Првата македонска лига.
