Едно од чудата е и самиот начин, на кој иконата му се открила на ктиторот. Таа, според преданието на манастирот, едноставно лебдела во воздухот над изворот со вода, на чие место денес се наоѓаат трите чешми под црквата. Чудо било и нејзиното исчезнување во немирните и тешки времиња, низ кои минувал манастирот. Благодатта, што иконата ја носела во себе, ја чувала од погибел и не дозволила таа да биде уништена, во неколкукратното пустошење на манастирот. Таа секогаш одново се појавувала, сведочејќи за вечно-живиот дух на манастирот, кој повторно се раѓал, како феникс, од своите урнатини. Така, уште од самиот почеток, иконата не престанала да чудотвори. Неизбројано мноштво намерници, кои пред неа застанале со вера и од срце го помолиле Крстителот, биле услишани, исцелени од болести, утешени. Претечата, преку својата икона, им доаѓал на помош на сите: стари и млади, болни и здрави, православни и иноверци. Како што се нижеле чудата, така се множеле и даровите пред иконата. Секој дар крие вистинита приказна зад себе. Бројните сребрени медалјони во облик на бебе сведочат дека Св. Јован израдувал многу бездетни родители, дарувајќи им деца
